เพียงหนึ่งปีหลังเขาขึ้นเป็นผู้นำสูงสุดของญี่ปุ่น จักรวรรดิมองโกลส่งคณะทูตมาถลวายราชสาส์นถึง 4 ครั้งเพื่อเกลี้ยกล่อมให้ญี่ปุ่นยอมเป็นประเทศราช อย่างไรก็ตาม แม้ว่าทางราชสำนักจักรพรรดิในเคียวโตะจะเห็นควรให้ยอมจำนนเนื่องจากเกรงแสนยานุภาพของมองโกล โทะกิมุเนะในวัย 19 ปีเลือกที่จะไม่ตอบใดๆกลับไป ถึงอย่างนั้น และสั่งการให้ขุนนางและซะมุไรในคีวชูเตรียมพร้อมรับสงครามที่อาจเกิดขึ้น

สงครามครั้งที่หนึ่งอุบัติขึ้นและมองโกลเป็นฝ่ายพ่ายแพ้เนื่องจากพายุไต้ฝุ่น มองโกลได้ส่งคณะทูตมาเป็นครั้งที่ 5 และครั้งนี้โทะกิมุเนะตอบโต้ด้วยการสั่งให้ประหารราชทูตของมองโกล แต่มองโกลก็ยังราชทูตมาอีกเป็นครั้งที่ 6 และก็ถูกโทะกิมุเนะสั่งประหารอีก สงครามครั้งที่สองอุบัติขึ้น และครั้งนี้ญี่ปุ่นมีการรับมืออย่างดี สามารถยันกองเรือข้าศึกไว้ในได้จนมีไต้ฝุ่นเข้า และไต้ฝุ่นลูกนั้นได้ทำลายกองเรือมองโกลพินาศทั้งหมด